目前大多数地区执业医师都实行电子注册，执业医师网上申请注册成功以后，需要提交纸质材料去卫健委办理资格证书。
执业医师证书注册流程
第一步：完成电子化注册。
1、进入电子注册入口：国家卫计委医师电子注册系统。
2、注册账号：医师在注册账户时所填写的姓名和身份证号，是系统验证资格和执业信息的依据，请认真填写。（注：姓名不是登录用户名，请不要输入字母及数字）
3、激活账户：用户登录并验证到资格或执业信息后，需验证您的手机号，手机号码验证成功后，激活码会以短信方式发送至您的手机。若您的手机无法接收到验证码，请您点击右侧进行邮箱验证。安全验证完成后，请联系您主要执业机构的负责人，医疗机构会发送激活码至您的手机或邮箱。正确填入激活码后，点击【激活我的账户】。若您没有收到激活码，则可能是医疗机构设置了为医师自动激活账户，您直接刷新该页面即可激活成功。
第二步：点击业务申请——“注册”。
第三步：等着单位审核通过《医师电子化注册系统》完成信息确认。
第四步：提交纸质材料去卫健委办理资格证书。
1、《医师执业注册申请审核表》一式2份；
2、申请人身份证原件和复印件；
3、近6个月2寸白底免冠正面半身照片3张；
4、拟执业机构劳动合同或聘用证明原件及复印件；
5、医疗机构执业许可证副本复印件；
6、市、县（区）级卫生行政部门规定的其他情形。
执业医师证书有效期多久
执业医师资格证书永久是有效的。但是，执业医师有定期考核制度。取得医师资格后，两年内不注册的，视为中断执业，可在卫生行政部门指定的省级医院学习半年后，重新注册。
医师定期考核是指受县级以上地方人民政府卫生行政部门委托的机构或组织按照医师执业标准对医师的业务水平、工作成绩和职业道德进行的考核。
医师定期考核分为执业医师考核和执业助理医师考核。考核类别分为临床、中医（包括中医、民族医、中西医结合）、口腔和公共卫生。医师定期考核每两年为一个周期。
医师考核合格后，经定考系统可查询或下载打印电子化“考核结果通知书”，可作为多点执业、变更注册的资质证明。结果通知书全国统一制式和编码，具有执业身份的可追溯性和唯一性。
对考核不合格的医师，卫生计生行政部门可以责令其 暂停执业活动三个月至六个月，并接受培训。暂停执业活动期满，再次进行考核，对考核合格的，允许其继续执业，但在本考核周期内不得评优和晋升；对考核不合格的，由卫生计生行政部门注销注册，收回医师执业证书。
