自考生本科档案的存放方式，有工作单位的自考生，如果工作单位有存放档案的资质，就把档案放在单位；没有工作单位的考生，可将学籍档案材料原件存放街道办事处或人才交流中心等有权存放人事档案的部门代管。
有工作单位且单位有存放人事档案部门的，自考本科档案与人事档案合并存放单位人事部门。没有工作单位的，档案存户籍地的人才交流中心。
如果之前学历的档案都在自己手上，则需要办理档案激活手续，存入人才服务中心，人才服务中心是国家指定的档案管理单位，现在人才中心存档也是免费的。
当自学考试档案丢失后，需要到省自考办提交单位人事部门或档案管理部门开具的遗失证明，然后携带遗失证明、身份证复印件和原件，办理档案补办手续，一般需要7个工作日，就可以领取补办的自考档案了。
