执业药师属药监系统，初级药师属卫生系统；执业药师考试报名时间为每年的7月-8月，考试时间是10月左右，初级药师在每年的12月到1月报考，5月左右考试；执业药师报名条件比初级药师门槛低；执业药师考取之后一般是在药店使用，通过初级药师的考试后，可以让单位聘任。
1、所属系统不同：执业药师是由国家人事部和食品药品监督管理局负责组织考试的，属药监系统;而药师考试是有国家卫计委组织的，属卫生系统。
2、报名时间不同：执业药师考试报名时间为每年的7月-8月，而药师报名时间在每年的12月到1月。
3、考试时间不同：执业药师的考试时间一般是在每年的10月中旬，而药师的考试时间为每年的5月份。
4、考试科目不同：执业药师考试科目有四门，分别为药事管理与法规、(中)药学专业知识(一)、(中)药学专业知识(二)、(中)药学综合知识与技能。初级药师考试也有四门，分别为基础知识、相关专业知识、专业知识、专业实践能力。
5、报考要求不同：以本科为例，毕业从事相关工作3年才可以考执业药师。但是毕业一年就可以考初级药师。执业药师的工作证明可以是药企开具，而且专业只要是药学相关就可以，比如制药工程是可以报考的。而药师的工作证明必须是医院、社区卫生所，毕业院校必须是国家卫计委的，并且制药工程这种专业一般是无法通过审核的。
6、使用方向不同：执业药师考取之后一般是在药店使用，国家规定每个药店必须配备一个执业药师，其实就是通过执业药师考试拿到证后，就可以去药店工作了。初级药师是技术职称，也就是说你通过初级药师的考试后，你就可以让单位聘任你，得到初级职称了。
