安徽有3所大学入选第二轮双一流建设高校，其中就有合肥工业大学，所以合肥工业大学是双一流大学，不过只有1个双一流建设学科。以下是合肥工业大学双一流学科具体名单。
合肥工业大学双一流建设学科名单
| 序号 | 双一流学科名称 |
| 1 | 管理科学与工程 |
合肥工业大学管理科学与工程学科，2000年获博士学位授予权，2003年获得博士后科研流动站，2007年获评为国家一级重点学科，2017年在教育部组织的第四轮学科评估中取得了“A”的成绩，2017年被列入国家“双一流”建设学科。
这个专业是计算机与管理学的交叉学科，赶上了信息化发展的潮流，从事的基本上是信息开发之类的工作，就业比较好，工资也高。学校的其他一些老牌工科专业就业也不错，如车辆工程、机械自动化等等，江浙沪一带的制造类企业很喜欢来学校进行招聘。
合肥工业大学学科评估结果一览表
| 序号 | 学校名称 | 一级学科名称 | 评估结果 |
| 1 | 合肥工业大学 | 管理科学与工程 | A |
| 2 | 合肥工业大学 | 马克思主义理论 | B+ |
| 3 | 合肥工业大学 | 机械工程 | B+ |
| 4 | 合肥工业大学 | 仪器科学与技术 | B+ |
| 5 | 合肥工业大学 | 计算机科学与技术 | B+ |
| 6 | 合肥工业大学 | 工商管理 | B+ |
| 7 | 合肥工业大学 | 材料科学与工程 | B |
| 8 | 合肥工业大学 | 电气工程 | B |
| 9 | 合肥工业大学 | 土木工程 | B |
| 10 | 合肥工业大学 | 化学工程与技术 | B |
| 11 | 合肥工业大学 | 食品科学与工程 | B |
| 12 | 合肥工业大学 | 软件工程 | B |
| 13 | 合肥工业大学 | 数学 | B- |
| 14 | 合肥工业大学 | 电子科学与技术 | B- |
| 15 | 合肥工业大学 | 信息与通信工程 | B- |
| 16 | 合肥工业大学 | 控制科学与工程 | B- |
| 17 | 合肥工业大学 | 建筑学 | B- |
| 18 | 合肥工业大学 | 地质学 | C+ |
| 19 | 合肥工业大学 | 环境科学与工程 | C+ |
| 20 | 合肥工业大学 | 城乡规划学 | C+ |
| 21 | 合肥工业大学 | 生物学 | C- |
| 22 | 合肥工业大学 | 力学 | C- |
| 23 | 合肥工业大学 | 光学工程 | C- |
| 24 | 合肥工业大学 | 动力工程及工程热物理 | C- |
| 25 | 合肥工业大学 | 水利工程 | C- |
